Une nouvelle base de données nationale sur la diversité génétique des populations d'espèces sauvages

Contexte: La diversité génétique est une composante essentielle de la biodiversité et est considérée comme un facteur clef pérennisant les populations dans un environnement changeant et de l'adaptation aux événements extrêmes. La convention mondiale sur la diversité biologique (CDB) impose aux pays d'évaluer, de surveiller et, à terme, d'enrayer la perte de diversité génétique. Cependant, il n'existe pas de collecte systématique de données génétiques intraspécifiques adaptée aux besoins des pratiques de conservation et susceptible de soutenir ce processus.

Objectif: Le projet GenDiB réalise une analyse des besoins et de la faisabilité d'une nouvelle base de données nationale contenant des données géoréférencées sur la diversité génétique intraspécifique dans les populations d'espèces sauvages en Suisse (phase 1). La phase 2 du projet, au cours de laquelle un prototype de base de données sera développé, a débuté en juin 2023 grâce au cofinancement de la BAFU.

Le concept développé dans le cadre du projet établit les fondements à la création d'une base de données nationale contenant des ensembles de données géoréférencées sur la diversité génétique intraspécifique des populations naturelles en Suisse. Une telle base de données fournit une connaissance indispensable pour évaluer les modèles spatiaux de diversité génétique intraspécifique dans un large éventail d'espèces, pour identifier les populations et les zones importantes pour la conservation de la diversité génétique, et pour évaluer les changements temporels ou les effets des extremes environnementaux. Ces informations doivent contribuer à l'élaboration et à l'amélioration des mesures de conservation. En outre, ces données peuvent être rendues accessibles à des fins d'enseignement et de recherche.

Développements actuels: Nous effectuons actuellement une recherche bibliographique afin de recenser les jeux de données déjà disponibles sur la diversité génétique dans les populations naturelles de Suisse. En complément, nous effectuons une enquête auprès des chercheurs et essayons ainsi de rendre accessibles des jeux de données non encore publiés (p. ex. travaux de BSc, MSc, PhD).

Vous pouvez également nous contacter directement et partager ces informations avec des collègues intéressés.

Les jeux de données qui répondent aux critères suivants sont appropriés pour notre étude :

- des populations naturelles géoréférencées d'espèces eucaryotes en Suisse.

- l’un des types de marqueurs polymorphiques suivants (issus de génomes nucléaires ou d’organelles) : Microsatellites (SSR), polymorphismes de longueur de fragments amplifiés (AFLP), polymorphismes mono-nucléotidiques (SNP ; séquençage Sanger et de nouvelle génération, génotypage SNP), polymorphismes structurels, éléments transposables (TE), variants en nombre de copies (CNV) et similaires.

Les attributs des ensembles de données nécessaires à notre travail sont rassemblés dans un tableau qui peut être téléchargé ici. Le tableau complété peut être renvoyé à nous.

Les données collectées sont regroupées par espèce et les localités sont représentées sur une carte interactive. Cette carte est librement accessible via notre page web de projet et contiendra des liens vers les données et les articles.

Pour toute question ou suggestion, n’hésiter pas à nous contacter.

Référence: Buser C, Mosimann M, Iosifescu-Enescu I, Woodcock S, Gugerli F 2023. Nutzen einer nationalen Datenbank zur innerartlichen genetischen Vielfalt für die Naturschutzpraxis. N & L inside 2/23: 33–40.